Teorin om "manipulerade bevis": Denna teori tyder på att Marcos-regimen manipulerat de rättsmedicinska bevisen på platsen för mordet på Aquino för att manipulera resultatet av utredningen. Kritiker hävdar att regeringen ändrade vittnesuppgifter, tillverkade dokument och vilseledde allmänheten för att ta bort sitt ansvar för Aquinos död.
Medverkan av regeringsstyrkor: Vissa tror att element inom den filippinska militären eller regeringsstyrkorna var direkt involverade i mordet på Aquino. Denna teori hävdar att Marcos-regimen orkestrerade en hit på Aquino för att eliminera en potentiell politisk rival och kväva oliktänkande mot det auktoritära styret.
Täckning av högt uppsatta tjänstemän: Denna teori hävdar att högt uppsatta tjänstemän inom Marcos-regeringen underlättade en mörkläggning av de verkliga omständigheterna kring Aquinos död. Kritiker menar att mäktiga individer inom regimen skyddade förövarna och dolde viktig information för att behålla sitt grepp om makten.
Involvering av utländska enheter: Konspirationer har också väckts om eventuell inblandning av utländska enheter i mordet på Aquino. Dessa teorier involverar ofta länder som USA eller andra främmande makter som är intresserade av att behålla sitt inflytande i Filippinerna. Vissa spekulanter tror att internationella element kan ha konspirerat med Marcos-regimen för att ta bort Aquino som ett hot mot deras intressen.
Teorin om "syndbocken": En annan konspiration tyder på att regeringen utsåg vissa individer som syndabockar för att bära ansvaret för Aquinos död. Kritiker hävdar att oskyldiga människor blev inramade och felaktigt dömda, vilket skyddade de verkliga hjärnorna bakom mordet.
Det är värt att notera att dessa konspirationsteorier inte har definitivt bevisats, och många anser att utredningarna av Aquinos död har haft flera oegentligheter. Den officiella slutsatsen från den filippinska högsta domstolen 2010 förklarade att militären var skyldig för brottet men involverade inte uttryckligen dåvarande presidenten Ferdinand Marcos eller hans fru Imelda.