En möjlig förklaring till spökobservationerna är att Charles W. Morgan är det enda överlevande trävalfartyget som fortfarande flyter, ett faktum som kan locka till sig andar från det förflutna. Dessutom har fartyget varit inblandat i flera tragiska händelser under loppet av sin historia, inklusive ett skeppsvrak som krävde flera besättningsmedlemmars liv. Det är möjligt att dessa händelser har lämnat efter sig en kvardröjande energi på skeppet som fortfarande känns av idag.
Oavsett sanningen är det ingen tvekan om att Charles W. Morgan har en kuslig atmosfär som gör den till en av de mest populära hemsökta destinationerna i Mystic Seaport. Besökare dras ofta till fartyget i hopp om att uppleva något paranormalt för sig själva.