Junipero Serras liv började på Medelhavsön Mallorca som Miguel Jose Serra y Ferrer. Lite är känt om hans tidiga år förutom att de präglades av sjukdom. Men hans dåliga hälsa höll honom inte tillbaka. Serra växte upp i en religiös miljö och visade en djup andlighet från en tidig ålder. Även om det är värt att notera att detaljer om hans tonårstid förblir i stort sett odokumenterade. Hans familj levde enkelt, vilket bidrog till utvecklingen av Serras ödmjuka och medkännande natur.