Även om Juan Diego är känd för sin roll i Mariauppenbarelserna, finns det inga bevis eller traditioner för att han själv utförde några mirakel. Miraklen som tillskrivs honom är relaterade till händelserna kring uppenbarelserna, inklusive:
1. Tilma från Juan Diego: Det mest kända miraklet förknippat med Juan Diego är bilden av Jungfru Maria som mirakulöst präglade hans tilma, eller mantel, under en av uppenbarelserna. Tilma, som var gjord av kaktusfiber av dålig kvalitet och borde ha sönderfallit med tiden, har förblivit intakt och visar inga tecken på försämring eller blekning.
2. Healing of Juan Bernardino: Juan Diegos farbror, Juan Bernardino, var allvarligt sjuk och på väg att dö när Juan Diego mötte Jungfru Maria under den tredje uppenbarelsen. Jungfrun instruerade honom att ta några blommor som hon hade visat honom till Bernardino, och när Bernardino rörde vid blommorna blev han omedelbart helad.
Dessa händelser, som inträffade i samband med Juan Diegos marianuppenbarelser, anses vara mirakulösa och har spelat en betydande roll i hängivenheten till jungfrun av Guadalupe och helgonförklaringen av Juan Diego.