Väggarna i kapillärerna är kantade med små porer, som tillåter passage av vatten, elektrolyter och små molekyler som syre och koldioxid. Större molekyler, som proteiner, kan inte passera genom porerna och måste transporteras genom endotelcellerna genom en process som kallas transcytos.
Kapillärer är också involverade i regleringen av blodtrycket och vätskebalansen. När blodtrycket är för högt kan kapillärerna vidgas för att möjliggöra mer blodflöde. När blodtrycket är för lågt kan kapillärerna dra ihop sig för att minska blodflödet.
Utbytet av ämnen mellan blodet och de omgivande vävnaderna sker i de interstitiella utrymmena, som är utrymmena mellan cellerna. De mellanliggande utrymmena är fyllda med en vätska som kallas interstitiell vätska, som innehåller näringsämnen, syre och avfallsprodukter.
Utbytet av ämnen mellan blodet och den interstitiella vätskan sker genom diffusion, vilket är förflyttning av molekyler från ett område med hög koncentration till ett område med låg koncentration. Syre diffunderar från blodet till interstitiell vätska och koldioxid diffunderar från interstitiell vätska in i blodet.
Kapillärer är avgörande för att kroppen ska fungera korrekt. De möjliggör utbyte av syre och koldioxid, reglering av blodtryck och vätskebalans samt transport av näringsämnen och slaggprodukter.