Existem algumas razões pelas quais a alquimia era praticada em segredo.

* A alquimia era frequentemente vista como uma forma de magia. Durante a Idade Média, a magia era considerada uma prática herética e qualquer pessoa que fosse flagrada praticando-a poderia ser punida severamente. Como resultado, muitos alquimistas mantiveram seu trabalho em segredo para evitar serem perseguidos.
* Os alquimistas costumavam ser muito reservados em relação ao seu trabalho porque temiam que outros roubassem seus segredos. A alquimia era um campo altamente competitivo e muitos alquimistas acreditavam que seu trabalho era de grande valor. Como resultado, muitas vezes relutavam em compartilhar seus segredos com outras pessoas.
* Alguns alquimistas estavam simplesmente loucos. A alquimia era muitas vezes um processo de tentativa e erro, e muitos alquimistas passaram anos ou mesmo décadas trabalhando em experimentos que nunca resultariam em nada. Como resultado, alguns alquimistas simplesmente enlouqueceram. Nestes casos, o seu sigilo pode ter sido devido à simples excentricidade.

Seja qual for o motivo, o fato de a alquimia ser praticada em segredo contribuiu para a sua reputação misteriosa e fascinante.