Pień mózgu, położony u podstawy mózgu, jest odpowiedzialny za kontrolowanie snu i snów. Struktury w pniu mózgu, takie jak podwzgórze, most i rdzeń przedłużony, współpracują ze sobą w celu regulacji cykli snu i czuwania, snu REM (szybkiego ruchu gałek ocznych) i snu innego niż REM. Podwzgórze pomaga kontrolować wewnętrzny zegar organizmu, rytm dobowy i uwalnianie hormonów powodujących senność lub czuwanie. Most bierze udział w regulacji stanów snu i ułatwianiu przejścia między czuwaniem a snem. Rdzeń przedłużony odgrywa rolę w kontrolowaniu ważnych funkcji życiowych, takich jak tętno i oddychanie, na które wpływa również sen i czuwanie.