Życie Junipero Serry rozpoczęło się na śródziemnomorskiej wyspie Majorce jako Miguel Jose Serra y Ferrer. Niewiele wiadomo o jego wczesnych latach poza tym, że były one naznaczone chorobą. Jednak zły stan zdrowia go nie powstrzymał. Serra dorastała w środowisku religijnym i od najmłodszych lat wykazywała głęboką duchowość. Chociaż warto zauważyć, że szczegóły dotyczące jego okresu dojrzewania pozostają w dużej mierze nieudokumentowane. Jego rodzina żyła prosto, co przyczyniło się do rozwoju pokornej i współczującej natury Serry.