Chociaż Biblia nie podaje jednoznacznych powodów, uczeni zaproponowali różne możliwe przyczyny odejścia Jana Marka. Oto kilka potencjalnych przyczyn:
Niedojrzałość lub brak przygotowania :John Mark mógł być młody lub niedoświadczony w obliczu trudów i wyzwań podróży misyjnej. Trudności i niepewność związane z podróżą mogły go przytłoczyć lub zniechęcić, co doprowadziło do decyzji o wyjeździe.
Tęsknota :Jan Marek mógł czuć silną więź ze swoją rodziną, przyjaciółmi lub domem w Jerozolimie. Mógł tęsknić za znajomym otoczeniem i wygodami swojego poprzedniego życia, co skłoniło go do powrotu.
Nieporozumienia lub konflikty osobowości :Chociaż nie ma bezpośrednich dowodów na konflikt, różnice w opiniach, osobowościach lub podejściu między Johnem Markiem a innymi misjonarzami mogły przyczynić się do napięcia i ostatecznej decyzji o wyjeździe.
Zmiana planów lub priorytetów :Możliwe, że Jan Marek miał osobiste powody lub obowiązki, które wymagały od niego powrotu do Jerozolimy. Być może w domu miał ważne obowiązki lub zobowiązania, którymi musiał się zająć.
Warto zauważyć, że odejście Jana Marka nie nadwyrężyło trwale jego relacji z Pawłem i Barnabą. Wspomina się o nim później w Nowym Testamencie i wygląda na to, że pojednali się i kontynuowali współpracę w przyszłości (np. Kolosan 4:10).