Som et resultat av denne troen ble mange mennesker anklaget for hekseri utsatt for hard behandling, inkludert fengsling, tortur og henrettelse. I noen tilfeller ble hele samfunn målrettet i heksejakt, noe som førte til døden til hundrevis eller til og med tusenvis av uskyldige mennesker.
Det mest kjente eksemplet på en heksejakt på 1500-tallet er Salem-hekseprosessene, som fant sted i Massachusetts Bay Colony i 1692. I løpet av denne tiden ble mer enn 200 mennesker anklaget for hekseri, og 20 ble til slutt henrettet.
Forfølgelsen av hekser avtok etter hvert på 1700-tallet, ettersom opplysningsidealer og vitenskapelig rasjonalisme begynte å utfordre den tradisjonelle troen som hadde drevet heksejakt. Arven etter disse forfølgelsene er imidlertid fortsatt et mørkt kapittel i europeisk historie.