En mulig forklaring på spøkelsesobservasjonene er at Charles W. Morgan er det eneste overlevende trehvalskipet som fortsatt flyter, et faktum som kan tiltrekke seg ånder fra fortiden. I tillegg har skipet vært involvert i flere tragiske hendelser i løpet av sin historie, inkludert et forlis som krevde livet til flere besetningsmedlemmer. Det er mulig at disse hendelsene har etterlatt seg en dvelende energi på skipet som fortsatt føles i dag.
Uansett hva sannheten måtte være, er det ingen tvil om at Charles W. Morgan har en skummel atmosfære som gjør den til en av de mest populære hjemsøkte destinasjonene i Mystic Seaport. Besøkende blir ofte trukket til skipet i håp om å oppleve noe paranormalt for seg selv.