Teorien om "manipulert bevis": Denne teorien antyder at Marcos-regimet tuklet med de rettsmedisinske bevisene på åstedet for Aquinos attentat for å manipulere utfallet av etterforskningen. Kritikere hevder at regjeringen endret vitneforklaringer, fabrikkerte dokumenter og villedet publikum for å frata seg ansvaret for Aquinos død.
Involvering av regjeringsstyrker: Noen mener at elementer i det filippinske militæret eller regjeringsstyrkene var direkte involvert i Aquinos attentat. Denne teorien hevder at Marcos-regimet orkestrerte et treff på Aquino for å eliminere en potensiell politisk rival og kvele dissens mot det autoritære styret.
Tildekking av høyt rangerte tjenestemenn: Denne teorien hevder at høytstående tjenestemenn i Marcos-regjeringen la til rette for en dekning av de sanne omstendighetene rundt Aquinos død. Kritikere antyder at mektige personer i regimet beskyttet gjerningsmennene og skjulte viktig informasjon for å opprettholde grepet om makten.
Involvering av utenlandske enheter: Konspirasjoner har også blitt reist om mulig involvering av utenlandske enheter i Aquinos attentat. Disse teoriene involverer ofte land som USA eller andre utenlandske makter som er interessert i å opprettholde sin innflytelse på Filippinene. Noen spekulanter mener at internasjonale elementer kan ha konspirert med Marcos-regimet for å fjerne Aquino som en trussel mot deres interesser.
"Syndebukken"-teorien: En annen konspirasjon antyder at regjeringen utpekte visse individer som syndebukker for å bære ansvaret for Aquinos død. Kritikere hevder at uskyldige mennesker ble innrammet og feilaktig dømt, og beskyttet de virkelige hjernene bak attentatet.
Det er verdt å merke seg at disse konspirasjonsteoriene ikke er definitivt bevist, og mange anser undersøkelsene av Aquinos død for å ha hatt flere uregelmessigheter. Den offisielle konklusjonen fra den filippinske høyesterett i 2010 erklærte at militæret var skyldig for forbrytelsen, men impliserte ikke eksplisitt daværende president Ferdinand Marcos eller hans kone Imelda.