Som svar forbannet Athena, gudinnen for visdom og krigføring, Medusa som straff for hennes vanhelligelse av det hellige rom. Hun forvandlet Medusas vakre hår til vridende slanger, og alle som så direkte på henne ville bli forvandlet til stein.
Athena forviste også Medusa fra samfunnet og sendte henne til å bo på en avsidesliggende øy sammen med sine to søstre, Stheno og Euryale, samlet kjent som Gorgonene. Medusa ble en skremmende skapning og et symbol på beskyttende styrke og kraften i blikket.
Denne myten fremhever temaet guddommelig straff for brudd på religiøse skikker og grenser, og understreker helligheten og viktigheten av å respektere hellige rom og konsekvensene av å ignorere guddommelige lover og prinsipper.