Junipero Serras liv begynte på Middelhavsøya Mallorca som Miguel Jose Serra y Ferrer. Lite er kjent om hans første år bortsett fra at de var preget av sykdom. Hans dårlige helse holdt ham imidlertid ikke tilbake. Serra vokste opp i et religiøst miljø og viste en dyp spiritualitet fra en tidlig alder. Selv om det er verdt å merke seg at detaljer om ungdomstiden forblir stort sett udokumenterte. Familien hans levde enkelt, noe som bidro til utviklingen av Serras ydmyke og medfølende natur.