Mens Juan Diego er kjent for sin rolle i de marianske åpenbaringene, er det ingen bevis eller tradisjon for at han utførte noen mirakler selv. Miraklene som tilskrives ham er relatert til hendelsene rundt åpenbaringene, inkludert:
1. Tilma av Juan Diego: Det mest kjente miraklet knyttet til Juan Diego er bildet av Jomfru Maria som på mirakuløst vis ble prentet inn på hans tilma, eller kappe, under en av åpenbaringene. Tilmaen, som var laget av kaktusfiber av dårlig kvalitet og skulle ha gått i oppløsning over tid, har holdt seg intakt og viser ingen tegn til forringelse eller falming.
2. Healing av Juan Bernardino: Juan Diegos onkel, Juan Bernardino, var alvorlig syk og på randen av døden da Juan Diego møtte Jomfru Maria under den tredje åpenbaringen. Jomfruen instruerte ham om å ta noen blomster som hun hadde vist ham til Bernardino, og da Bernardino rørte ved blomstene, ble han øyeblikkelig helbredet.
Disse hendelsene, som skjedde i sammenheng med Juan Diegos marianske åpenbaringer, regnes som mirakuløse og har spilt en betydelig rolle i hengivenheten til Jomfruen av Guadalupe og kanoniseringen av Juan Diego.