Het leven van Junipero Serra begon op het mediterrane eiland Mallorca als Miguel Jose Serra y Ferrer. Er is weinig bekend over zijn vroege jaren, behalve dat ze werden gekenmerkt door ziekte. Zijn slechte gezondheid hield hem echter niet tegen. Serra groeide op in een religieus milieu en toonde al op jonge leeftijd een diepgaande spiritualiteit. Hoewel het de moeite waard is om op te merken dat details over zijn adolescentie grotendeels ongedocumenteerd blijven. Zijn familie leefde eenvoudig, wat bijdroeg aan de ontwikkeling van Serra's nederige en medelevende karakter.