De theorie van 'gemanipuleerd bewijs': Deze theorie suggereert dat het Marcos-regime met het forensische bewijsmateriaal op de plaats van de moord op Aquino heeft geknoeid om de uitkomst van het onderzoek te manipuleren. Critici beweren dat de regering getuigenverklaringen heeft gewijzigd, documenten heeft verzonnen en het publiek heeft misleid om haar verantwoordelijkheid voor de dood van Aquino duidelijk te maken.
Betrokkenheid van regeringstroepen: Sommigen geloven dat elementen binnen het Filippijnse leger of de regeringstroepen rechtstreeks betrokken waren bij de moord op Aquino. Deze theorie beweert dat het Marcos-regime een aanval op Aquino orkestreerde om een potentiële politieke rivaal uit te schakelen en afwijkende meningen tegen het autoritaire bewind te onderdrukken.
Cover-up door hoge ambtenaren: Deze theorie beweert dat hoge functionarissen binnen de regering-Marcos het verdoezelen van de ware omstandigheden rond de dood van Aquino hebben gefaciliteerd. Critici suggereren dat machtige individuen binnen het regime de daders beschermden en essentiële informatie verborgen hielden om hun greep op de macht te behouden.
Betrokkenheid van buitenlandse entiteiten: Er zijn ook samenzweringen geuit over de mogelijke betrokkenheid van buitenlandse entiteiten bij de moord op Aquino. Bij deze theorieën zijn vaak landen als de Verenigde Staten of andere buitenlandse mogendheden betrokken die geïnteresseerd zijn in het behouden van hun invloed op de Filippijnen. Sommige speculanten zijn van mening dat internationale elementen mogelijk hebben samengespannen met het Marcos-regime om Aquino af te zetten als een bedreiging voor hun belangen.
De 'zondebok'-theorie: Een andere samenzwering suggereert dat de regering bepaalde individuen als zondebok heeft aangewezen om de verantwoordelijkheid voor de dood van Aquino te dragen. Critici beweren dat onschuldige mensen erin zijn geluisd en ten onrechte zijn veroordeeld, waardoor de echte meesterbreinen achter de moord werden beschermd.
Het is vermeldenswaard dat deze complottheorieën niet definitief zijn bewezen, en velen zijn van mening dat het onderzoek naar de dood van Aquino verschillende onregelmatigheden heeft gekend. De officiële conclusie van het Filippijnse Hooggerechtshof uit 2010 verklaarde dat het leger schuldig was aan de misdaad, maar impliceerde niet expliciet de toenmalige president Ferdinand Marcos of zijn vrouw Imelda.