Een mogelijke verklaring voor de spookwaarnemingen is dat de Charles W. Morgan het enige overgebleven houten walvisschip is dat nog drijft, een feit dat geesten uit het verleden kan aantrekken. Bovendien is het schip in de loop van zijn geschiedenis betrokken geweest bij verschillende tragische gebeurtenissen, waaronder een scheepswrak dat het leven kostte aan verschillende bemanningsleden. Het is mogelijk dat deze gebeurtenissen een aanhoudende energie op het schip hebben achtergelaten die nog steeds voelbaar is.
Wat de waarheid ook mag zijn, het lijdt geen twijfel dat de Charles W. Morgan een griezelige sfeer heeft, waardoor het een van de populairste spookbestemmingen in Mystic Seaport is. Bezoekers worden vaak naar het schip getrokken in de hoop zelf iets paranormaals te ervaren.