Hoewel de Bijbel geen expliciete redenen geeft, hebben geleerden verschillende mogelijke redenen voor het vertrek van Johannes Marcus naar voren gebracht. Hier zijn een paar mogelijke redenen:
Onvolwassenheid of gebrek aan voorbereiding :Johannes Marcus was misschien jong of onervaren vanwege de ontberingen en uitdagingen van de zendingsreis. De moeilijkheden en onzekerheden van de reis hadden hem kunnen overweldigen of ontmoedigen, wat tot zijn besluit had kunnen leiden om te vertrekken.
Heimwee :Johannes Marcus zou een sterke gehechtheid gevoeld kunnen hebben met zijn familie, vrienden of huis in Jeruzalem. Hij had de vertrouwde omgeving en het comfort van zijn vorige leven kunnen missen, wat hem ertoe aanzette terug te keren.
Mensenverschillen of persoonlijkheidsconflicten :Hoewel er geen direct bewijs is van een conflict, kunnen verschillen in meningen, persoonlijkheden of benaderingen tussen Johannes Marcus en de andere zendelingen hebben bijgedragen aan de spanning en zijn uiteindelijke beslissing om te vertrekken.
Wijziging van plannen of prioriteiten :Het is mogelijk dat Johannes Marcus persoonlijke redenen of verplichtingen had waardoor hij naar Jeruzalem moest terugkeren. Misschien had hij thuis belangrijke verantwoordelijkheden of verplichtingen waar hij rekening mee moest houden.
Het is vermeldenswaard dat het vertrek van Johannes Marcus zijn relatie met Paulus en Barnabas niet permanent onder druk zette. Hij wordt later in het Nieuwe Testament genoemd, en het lijkt erop dat ze zich verzoenden en in de toekomst bleven samenwerken (bijv. Kolossenzen 4:10).