Sommige geleerden geloven dat het heidendom voortkomt uit het animisme, het geloof dat alle dingen een geest hebben. Animisme wordt beschouwd als een van de vroegste vormen van religie en is tegenwoordig in veel tribale samenlevingen terug te vinden. Naarmate samenlevingen zich ontwikkelden en complexer werden, maakte het animisme plaats voor meer georganiseerde vormen van religie, zoals polytheïsme, het geloof in meerdere goden.
Polytheïsme was de dominante vorm van religie in de antieke wereld, waarbij elke cultuur zijn eigen pantheon van goden en godinnen had. De goden werden vaak geassocieerd met natuurlijke krachten, zoals de zon, de maan en de regen, of met menselijke activiteiten, zoals oorlog, landbouw en liefde.
Met de opkomst van het christendom in het Romeinse rijk begon het heidendom in verval te raken. Het christendom was een monotheïstische religie, die in slechts één God geloofde, en verving geleidelijk de polytheïstische overtuigingen van het Romeinse rijk. Op sommige gebieden bleven heidense overtuigingen en praktijken echter bestaan, en uiteindelijk fuseerden ze met christelijke overtuigingen om nieuwe hybride vormen van religie te creëren.