Er kunnen echter ook enkele uitdagingen zijn in de Gemini-Gemini-compatibiliteit. Beide partners kunnen erg onafhankelijk zijn en moeten zichzelf er soms aan herinneren dat ze tijd voor elkaar moeten maken. Ze kunnen ook behoorlijk eigenwijs zijn en soms botsen over wie gelijk heeft. Als ze echter kunnen leren open en eerlijk met elkaar te communiceren, kunnen deze uitdagingen worden overwonnen.