La teoria delle "prove manomesse": Questa teoria suggerisce che il regime di Marcos abbia manomesso le prove forensi sulla scena dell'assassinio di Aquino per manipolare l'esito delle indagini. I critici sostengono che il governo abbia alterato le dichiarazioni dei testimoni, fabbricato documenti e indotto in errore il pubblico a chiarire la propria responsabilità per la morte di Aquino.
Coinvolgimento delle forze governative: Alcuni credono che elementi all'interno delle forze militari o governative filippine siano stati direttamente coinvolti nell'assassinio di Aquino. Questa teoria afferma che il regime di Marcos ha orchestrato un colpo su Aquino per eliminare un potenziale rivale politico e soffocare il dissenso contro il governo autoritario.
Insabbiamento da parte di funzionari di alto rango: Questa teoria sostiene che funzionari di alto rango all'interno del governo Marcos abbiano facilitato l'insabbiamento delle vere circostanze che circondano la morte di Aquino. I critici suggeriscono che individui potenti all’interno del regime proteggessero gli autori del reato e nascondessero informazioni vitali per mantenere la presa sul potere.
Coinvolgimento di entità straniere: Sono state sollevate cospirazioni anche sul possibile coinvolgimento di entità straniere nell'assassinio di Aquino. Queste teorie spesso coinvolgono paesi come gli Stati Uniti o altre potenze straniere interessate a mantenere la propria influenza nelle Filippine. Alcuni speculatori ritengono che elementi internazionali possano aver cospirato con il regime di Marcos per rimuovere Aquino considerandolo una minaccia ai loro interessi.
La teoria del "capro espiatorio": Un'altra cospirazione suggerisce che il governo abbia designato alcuni individui come capri espiatori per assumersi la responsabilità della morte di Aquino. I critici sostengono che persone innocenti siano state incastrate e condannate ingiustamente, proteggendo le vere menti dietro l'assassinio.
Vale la pena notare che queste teorie del complotto non sono state definitivamente provate e molti ritengono che le indagini sulla morte di Aquino abbiano avuto diverse irregolarità. La conclusione ufficiale della Corte Suprema filippina del 2010 ha dichiarato che i militari erano colpevoli del crimine, ma non hanno implicato esplicitamente l'allora presidente Ferdinand Marcos o sua moglie Imelda.