La vita di Junipero Serra iniziò nell'isola mediterranea di Maiorca come Miguel Jose Serra y Ferrer. Poco si sa dei suoi primi anni tranne che furono segnati dalla malattia. La sua salute cagionevole, però, non lo trattenne. Serra crebbe in un ambiente religioso e manifestò fin da piccolo una profonda spiritualità. Tuttavia, vale la pena notare che i dettagli sulla sua adolescenza rimangono in gran parte non documentati. La sua famiglia viveva in modo semplice, il che contribuì allo sviluppo della natura umile e compassionevole di Serra.