Una possibile spiegazione per gli avvistamenti di fantasmi è che la Charles W. Morgan sia l'unica baleniera di legno sopravvissuta ancora a galla, un fatto che potrebbe attirare gli spiriti del passato. Inoltre, la nave è stata coinvolta in numerosi eventi tragici nel corso della sua storia, incluso un naufragio che costò la vita a diversi membri dell'equipaggio. È possibile che questi eventi abbiano lasciato un'energia persistente sulla nave che si avverte ancora oggi.
Qualunque sia la verità, non c'è dubbio che la Charles W. Morgan abbia un'atmosfera inquietante che la rende una delle destinazioni infestate più popolari di Mystic Seaport. I visitatori sono spesso attratti dalla nave nella speranza di sperimentare personalmente qualcosa di paranormale.