Sebbene Juan Diego sia noto per il suo ruolo nelle apparizioni mariane, non ci sono prove o tradizioni che abbia compiuto miracoli lui stesso. I miracoli a lui attribuiti sono legati agli eventi circostanti le apparizioni, tra cui:
1. La Tilma di Juan Diego: Il miracolo più famoso associato a Juan Diego è l'immagine della Vergine Maria che fu miracolosamente impressa sulla sua tilma, o mantello, durante una delle apparizioni. La tilma, che era realizzata con fibra di cactus di scarsa qualità e avrebbe dovuto disintegrarsi nel tempo, è rimasta intatta e non presenta segni di deterioramento o scolorimento.
2. Guarigione di Juan Bernardino: Lo zio di Juan Diego, Juan Bernardino, era gravemente malato e in punto di morte quando Juan Diego incontrò la Vergine Maria durante la terza apparizione. La Vergine gli ordinò di portare alcuni fiori che gli aveva mostrato a Bernardino, e quando Bernardino toccò i fiori, fu immediatamente guarito.
Questi eventi, avvenuti nel contesto delle apparizioni mariane di Juan Diego, sono considerati miracolosi e hanno avuto un ruolo significativo nella devozione alla Vergine di Guadalupe e nella canonizzazione di Juan Diego.