Namun, ada juga beberapa tantangan dalam kompatibilitas Gemini-Gemini. Kedua pasangan bisa sangat mandiri dan terkadang perlu mengingatkan diri mereka sendiri untuk meluangkan waktu satu sama lain. Mereka juga bisa sangat keras kepala dan terkadang berselisih mengenai siapa yang benar. Namun, jika mereka bisa belajar berkomunikasi secara terbuka dan jujur satu sama lain, tantangan ini bisa diatasi.