* Merah:rubi, garnet, dan spinel
* Oranye:safir, topas, dan citrine
* Kuning:safir, topas, dan citrine
* Hijau:zamrud, peridot, dan turmalin
* Biru:safir, aquamarine, dan topas
* Ungu:batu kecubung, safir, dan garnet
* Coklat:berlian, safir, dan zirkon
* Hitam:berlian, safir, dan turmalin
* Putih:berlian, safir, dan topas
Selain warna-warna umum tersebut, masih banyak lagi warna batu permata langka dan tidak biasa lainnya. Warna-warna tersebut antara lain:
* Merah muda:morganite, kunzite, dan spinel
* Persik:safir, turmalin, dan kunzite
* Lavender:safir, kecubung, dan turmalin
* Hijau mint:turmalin, safir, dan chrysoberyl
* Teal:safir, turmalin, dan aquamarine
* Biru kobalt:safir, lapis lazuli, dan turmalin
* Biru laut:safir, lapis lazuli, dan turmalin
* Violet:safir, kecubung, dan turmalin
* Abu-abu:berlian, safir, dan turmalin
* Tidak berwarna:berlian, safir, dan topas
Warna batu permata ditentukan oleh adanya elemen jejak dalam struktur kristal. Elemen jejak ini dapat menyerap atau memantulkan cahaya dengan panjang gelombang tertentu, sehingga menghasilkan warna khas batu permata.