Kehidupan Junipero Serra dimulai di pulau Majorca di Mediterania sebagai Miguel Jose Serra y Ferrer. Sedikit yang diketahui tentang tahun-tahun awalnya kecuali bahwa tahun-tahun itu ditandai dengan penyakit. Namun kesehatannya yang buruk tidak menghalanginya. Serra tumbuh dalam lingkungan yang religius dan menunjukkan spiritualitas yang mendalam sejak usia dini. Meskipun demikian, perlu dicatat bahwa rincian tentang masa remajanya sebagian besar masih tidak terdokumentasi. Keluarganya hidup sederhana, yang berkontribusi pada pengembangan sifat Serra yang rendah hati dan penuh kasih sayang.