Sebagai tanggapan, Athena, dewi kebijaksanaan dan peperangan, mengutuk Medusa sebagai hukuman atas penodaan ruang suci. Dia mengubah rambut indah Medusa menjadi ular yang menggeliat, dan siapa pun yang melihat langsung ke arahnya akan berubah menjadi batu.
Athena juga mengusir Medusa dari masyarakat dan mengirimnya untuk tinggal di pulau terpencil bersama dua saudara perempuannya, Stheno dan Euryale, yang secara kolektif dikenal sebagai Gorgon. Medusa menjadi makhluk menakutkan dan simbol kekuatan pelindung serta kekuatan tatapan.
Mitos ini mengangkat tema hukuman Tuhan karena melanggar adat dan batas agama, menekankan kesucian dan pentingnya menghormati ruang suci serta konsekuensi jika mengabaikan hukum dan prinsip Tuhan.