Teori "Bukti yang Dirusak": Teori ini menyatakan bahwa rezim Marcos merusak bukti forensik di lokasi pembunuhan Aquino untuk memanipulasi hasil penyelidikan. Kritikus menuduh pemerintah mengubah pernyataan saksi, memalsukan dokumen, dan menyesatkan masyarakat untuk memperjelas tanggung jawabnya atas kematian Aquino.
Keterlibatan Pasukan Pemerintah: Beberapa orang percaya bahwa unsur-unsur militer atau pasukan pemerintah Filipina terlibat langsung dalam pembunuhan Aquino. Teori ini menegaskan bahwa rezim Marcos mengatur serangan terhadap Aquino untuk menghilangkan calon saingan politiknya dan membungkam perbedaan pendapat terhadap pemerintahan otoriter.
Penutup-nutupi oleh Pejabat Tinggi: Teori ini menuduh bahwa pejabat tinggi di pemerintahan Marcos memfasilitasi upaya menutup-nutupi keadaan sebenarnya seputar kematian Aquino. Kritikus menyatakan bahwa individu-individu yang berkuasa dalam rezim tersebut melindungi para pelaku dan menyembunyikan informasi penting untuk mempertahankan kekuasaan mereka.
Keterlibatan Badan Asing: Konspirasi juga muncul mengenai kemungkinan keterlibatan entitas asing dalam pembunuhan Aquino. Teori-teori ini sering kali melibatkan negara-negara seperti Amerika Serikat atau kekuatan asing lainnya yang berkepentingan untuk mempertahankan pengaruhnya di Filipina. Beberapa spekulan percaya bahwa elemen internasional mungkin berkonspirasi dengan rezim Marcos untuk menyingkirkan Aquino karena dianggap sebagai ancaman terhadap kepentingan mereka.
Teori "Kambing Hitam": Konspirasi lain menyatakan bahwa pemerintah menunjuk individu tertentu sebagai kambing hitam untuk memikul tanggung jawab atas kematian Aquino. Kritikus menuduh bahwa orang-orang yang tidak bersalah dijebak dan dihukum secara salah, untuk melindungi dalang sebenarnya di balik pembunuhan tersebut.
Perlu dicatat bahwa teori konspirasi ini belum terbukti secara pasti, dan banyak yang menganggap penyelidikan atas kematian Aquino memiliki beberapa kejanggalan. Kesimpulan resmi Mahkamah Agung Filipina tahun 2010 menyatakan bahwa militer bertanggung jawab atas kejahatan tersebut namun tidak secara eksplisit melibatkan presiden saat itu Ferdinand Marcos atau istrinya Imelda.