Kata "ninja" adalah istilah umum untuk agen rahasia atau tentara bayaran di zaman feodal Jepang. Oleh karena itu, tidak ada satu agama pun yang dianut oleh semua ninja. Ninja kemungkinan besar menganut berbagai agama, termasuk Shinto, Budha, dan Taoisme, bergantung pada kepercayaan masing-masing dan adat istiadat daerah.