Meskipun Alkitab tidak memberikan alasan yang jelas, para ahli telah mengajukan berbagai kemungkinan alasan kepergian Yohanes Markus. Berikut beberapa kemungkinan alasannya:
Ketidakdewasaan atau Kurangnya Persiapan :Yohanes Markus mungkin masih muda atau belum berpengalaman menghadapi kesulitan dan tantangan perjalanan misionaris. Kesulitan dan ketidakpastian dalam perjalanan bisa saja membuat dia kewalahan atau putus asa, sehingga dia mengambil keputusan untuk pergi.
Rindu kampung halaman :Yohanes Markus mungkin merasakan keterikatan yang kuat dengan keluarga, teman, atau rumahnya di Yerusalem. Dia bisa saja merindukan lingkungan sekitar dan kenyamanan kehidupan sebelumnya, sehingga mendorongnya untuk kembali.
Perbedaan pendapat atau Konflik Kepribadian :Meskipun tidak ada bukti langsung adanya konflik, perbedaan pendapat, kepribadian, atau pendekatan antara Yohanes Markus dan misionaris lainnya mungkin berkontribusi terhadap ketegangan dan keputusannya untuk keluar.
Perubahan Rencana atau Prioritas :Ada kemungkinan Yohanes Markus mempunyai alasan atau kewajiban pribadi yang mengharuskannya kembali ke Yerusalem. Mungkin dia mempunyai tanggung jawab atau komitmen penting di kampung halamannya yang perlu dia penuhi.
Perlu dicatat bahwa kepergian Yohanes Markus tidak secara permanen merenggangkan hubungannya dengan Paulus dan Barnabas. Dia disebutkan kemudian dalam Perjanjian Baru, dan nampaknya mereka berdamai dan terus bekerja sama di masa depan (misalnya, Kolose 4:10).