La vie de Junipero Serra a commencé sur l'île méditerranéenne de Majorque sous le nom de Miguel Jose Serra y Ferrer. On sait peu de choses de ses premières années, si ce n'est qu'elles furent marquées par la maladie. Sa mauvaise santé ne l’a cependant pas retenu. Serra a grandi dans un environnement religieux et a fait preuve d'une profonde spiritualité dès son plus jeune âge. Cependant, il convient de noter que les détails sur son adolescence restent largement peu documentés. Sa famille vivait simplement, ce qui a contribué au développement de la nature humble et compatissante de Serra.