La théorie des « preuves falsifiées » : Cette théorie suggère que le régime de Marcos a falsifié les preuves médico-légales sur les lieux de l'assassinat d'Aquino pour manipuler les résultats de l'enquête. Les critiques affirment que le gouvernement a altéré les déclarations des témoins, fabriqué des documents et induit le public en erreur pour qu'il rejette sa responsabilité dans la mort d'Aquino.
Implication des forces gouvernementales : Certains pensent que des éléments de l'armée philippine ou des forces gouvernementales ont été directement impliqués dans l'assassinat d'Aquino. Cette théorie affirme que le régime de Marcos a orchestré une attaque contre Aquino pour éliminer un rival politique potentiel et étouffer la dissidence contre le régime autoritaire.
Dissimulation par des responsables de haut rang : Cette théorie prétend que de hauts responsables du gouvernement Marcos ont facilité la dissimulation des véritables circonstances entourant la mort d'Aquino. Les critiques suggèrent que des individus puissants au sein du régime ont protégé les auteurs et dissimulé des informations vitales pour maintenir leur emprise sur le pouvoir.
Implication d'entités étrangères : Des complots ont également été soulevés sur la possible implication d'entités étrangères dans l'assassinat d'Aquino. Ces théories impliquent souvent des pays comme les États-Unis ou d’autres puissances étrangères intéressées à maintenir leur influence aux Philippines. Certains spéculateurs pensent que des éléments internationaux pourraient avoir conspiré avec le régime de Marcos pour éliminer Aquino, ce qui constituerait une menace pour leurs intérêts.
La théorie du « bouc émissaire » : Une autre conspiration suggère que le gouvernement ait désigné certains individus comme boucs émissaires pour porter la responsabilité de la mort d'Aquino. Les critiques affirment que des innocents ont été piégés et condamnés à tort, protégeant ainsi les véritables cerveaux derrière l’assassinat.
Il convient de noter que ces théories du complot n'ont pas été définitivement prouvées, et beaucoup considèrent que les enquêtes sur la mort d'Aquino ont comporté plusieurs irrégularités. La conclusion officielle de la Cour suprême des Philippines de 2010 a déclaré que l'armée était coupable du crime, mais n'a pas explicitement impliqué le président de l'époque, Ferdinand Marcos, ni son épouse Imelda.