Une explication possible des observations de fantômes est que le Charles W. Morgan est le seul baleinier en bois encore à flot, un fait qui pourrait attirer les esprits du passé. De plus, le navire a été impliqué dans plusieurs événements tragiques au cours de son histoire, notamment un naufrage qui a coûté la vie à plusieurs membres d'équipage. Il est possible que ces événements aient laissé derrière eux une énergie persistante sur le navire qui se fait encore sentir aujourd'hui.
Quelle que soit la vérité, il ne fait aucun doute que le Charles W. Morgan dégage une atmosphère étrange qui en fait l'une des destinations hantées les plus populaires de Mystic Seaport. Les visiteurs sont souvent attirés par le navire dans l’espoir de vivre eux-mêmes quelque chose de paranormal.