La teoría de la "evidencia manipulada": Esta teoría sugiere que el régimen de Marcos manipuló las pruebas forenses en la escena del asesinato de Aquino para manipular el resultado de la investigación. Los críticos alegan que el gobierno alteró declaraciones de testigos, fabricó documentos y engañó al público para aclarar su responsabilidad por la muerte de Aquino.
Participación de las fuerzas gubernamentales: Algunos creen que elementos dentro del ejército filipino o de las fuerzas gubernamentales estuvieron directamente involucrados en el asesinato de Aquino. Esta teoría afirma que el régimen de Marcos orquestó un ataque contra Aquino para eliminar a un potencial rival político y reprimir la disidencia contra el gobierno autoritario.
Encubrimiento por parte de funcionarios de alto rango: Esta teoría alega que funcionarios de alto rango dentro del gobierno de Marcos facilitaron el encubrimiento de las verdaderas circunstancias que rodearon la muerte de Aquino. Los críticos sugieren que individuos poderosos dentro del régimen protegieron a los perpetradores y ocultaron información vital para mantener su control del poder.
Participación de Entidades Extranjeras: También se han planteado conspiraciones sobre la posible participación de entidades extranjeras en el asesinato de Aquino. Estas teorías a menudo involucran a países como Estados Unidos u otras potencias extranjeras interesadas en mantener su influencia en Filipinas. Algunos especuladores creen que elementos internacionales pueden haber conspirado con el régimen de Marcos para destituir a Aquino por considerarlo una amenaza a sus intereses.
La teoría del "chivo expiatorio": Otra conspiración sugiere que el gobierno designó a ciertos individuos como chivos expiatorios para asumir la responsabilidad por la muerte de Aquino. Los críticos alegan que personas inocentes fueron incriminadas y condenadas erróneamente, protegiendo a los verdaderos autores intelectuales del asesinato.
Vale la pena señalar que estas teorías de conspiración no han sido probadas definitivamente y muchos consideran que las investigaciones sobre la muerte de Aquino han tenido varias irregularidades. La conclusión oficial de la Corte Suprema de Filipinas de 2010 declaró que los militares eran culpables del crimen, pero no implicó explícitamente al entonces presidente Ferdinand Marcos ni a su esposa Imelda.