Ενώ ο Χουάν Ντιέγκο είναι γνωστός για τον ρόλο του στις εμφανίσεις των Μαριανών, δεν υπάρχει καμία απόδειξη ή παράδοση ότι έκανε θαύματα ο ίδιος. Τα θαύματα που του αποδίδονται σχετίζονται με τα γεγονότα γύρω από τις εμφανίσεις, όπως:
1. Η Τίλμα του Χουάν Ντιέγκο: Το πιο διάσημο θαύμα που σχετίζεται με τον Χουάν Ντιέγκο είναι η εικόνα της Παναγίας που αποτυπώθηκε ως εκ θαύματος στο τίλμα του, ή μανδύα του, κατά τη διάρκεια μιας από τις εμφανίσεις. Το tilma, το οποίο ήταν φτιαγμένο από κακής ποιότητας ίνες κάκτου και θα έπρεπε να είχε αποσυντεθεί με την πάροδο του χρόνου, έχει παραμείνει ανέπαφο και δεν δείχνει σημάδια φθοράς ή ξεθώριασμα.
2. Θεραπεία του Χουάν Μπερναρντίνο: Ο θείος του Χουάν Ντιέγκο, Χουάν Μπερναρντίνο, ήταν βαριά άρρωστος και στα πρόθυρα του θανάτου όταν ο Χουάν Ντιέγκο συνάντησε την Παναγία κατά την τρίτη εμφάνιση. Η Παναγία του έδωσε εντολή να πάρει μερικά λουλούδια που του είχε δείξει στον Μπερναρντίνο και όταν ο Μπερναρντίνο άγγιξε τα λουλούδια, θεραπεύτηκε αμέσως.
Αυτά τα γεγονότα, που συνέβησαν στο πλαίσιο των Μαριανών εμφανίσεων του Χουάν Ντιέγκο, θεωρούνται θαυματουργά και έπαιξαν σημαντικό ρόλο στην αφοσίωση στην Παναγία της Γουαδελούπης και στην αγιοποίηση του Χουάν Ντιέγκο.