Η ζωή του Junipero Serra ξεκίνησε στο μεσογειακό νησί της Μαγιόρκα ως Miguel Jose Serra y Ferrer. Λίγα είναι γνωστά για τα πρώτα του χρόνια εκτός από το ότι σημαδεύτηκαν από ασθένεια. Η κακή του υγεία όμως δεν τον κράτησε πίσω. Η Σέρρα μεγάλωσε σε θρησκευτικό περιβάλλον και επέδειξε βαθιά πνευματικότητα από μικρή ηλικία. Ωστόσο, αξίζει να σημειωθεί ότι οι λεπτομέρειες σχετικά με την εφηβεία του παραμένουν σε μεγάλο βαθμό χωρίς τεκμηρίωση. Η οικογένειά του ζούσε απλά, γεγονός που συνέβαλε στην ανάπτυξη της ταπεινής και συμπονετικής φύσης του Σέρρα.