Ως αποτέλεσμα αυτών των πεποιθήσεων, πολλοί άνθρωποι που κατηγορήθηκαν για μαγεία υποβλήθηκαν σε σκληρή μεταχείριση, συμπεριλαμβανομένων φυλάκισης, βασανιστηρίων και εκτελέσεων. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ολόκληρες κοινότητες στοχοποιήθηκαν σε κυνήγι μαγισσών, με αποτέλεσμα τον θάνατο εκατοντάδων ή και χιλιάδων αθώων ανθρώπων.
Το πιο διάσημο παράδειγμα κυνηγιού μαγισσών τον 16ο αιώνα είναι οι δίκες μαγισσών του Σάλεμ, που πραγματοποιήθηκαν στην αποικία του κόλπου της Μασαχουσέτης το 1692. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, περισσότερα από 200 άτομα κατηγορήθηκαν για μαγεία και 20 εκτελέστηκαν τελικά.
Η δίωξη των μαγισσών τελικά μειώθηκε τον 18ο αιώνα, καθώς τα ιδεώδη του Διαφωτισμού και ο επιστημονικός ορθολογισμός άρχισαν να αμφισβητούν τις παραδοσιακές πεποιθήσεις που είχαν τροφοδοτήσει το κυνήγι μαγισσών. Ωστόσο, η κληρονομιά αυτών των διώξεων παραμένει ένα σκοτεινό κεφάλαιο στην ευρωπαϊκή ιστορία.