Αν και η Βίβλος δεν παρέχει σαφείς λόγους, οι μελετητές έχουν προτείνει διάφορους πιθανούς λόγους για την αποχώρηση του John Mark. Εδώ είναι μερικοί πιθανοί λόγοι:
Αωριμότητα ή έλλειψη προετοιμασίας :Ο John Mark μπορεί να ήταν νέος ή άπειρος για τις δυσκολίες και τις προκλήσεις του ιεραποστολικού ταξιδιού. Οι δυσκολίες και οι αβεβαιότητες του ταξιδιού θα μπορούσαν να τον είχαν κατακλύσει ή να τον αποθάρρυνε, οδηγώντας στην απόφασή του να φύγει.
Νησυχία :Ο John Mark μπορεί να ένιωθε ισχυρή προσκόλληση με την οικογένεια, τους φίλους ή το σπίτι του στην Ιερουσαλήμ. Θα μπορούσε να του είχε λείψει το οικείο περιβάλλον και οι ανέσεις της προηγούμενης ζωής του, ωθώντας τον να επιστρέψει.
Διαφωνίες ή συγκρούσεις προσωπικότητας :Αν και δεν υπάρχουν άμεσες ενδείξεις σύγκρουσης, οι διαφορές στις απόψεις, στις προσωπικότητες ή στις προσεγγίσεις μεταξύ του John Mark και των άλλων ιεραπόστολων μπορεί να συνέβαλαν στην ένταση και στην τελική απόφασή του να φύγει.
Αλλαγή σχεδίων ή προτεραιοτήτων :Είναι πιθανό ο Ιωάννης Μάρκος να είχε προσωπικούς λόγους ή υποχρεώσεις που τον απαιτούσαν να επιστρέψει στην Ιερουσαλήμ. Ίσως είχε σημαντικές ευθύνες ή δεσμεύσεις στο σπίτι που έπρεπε να αναλάβει.
Αξίζει να σημειωθεί ότι η αποχώρηση του Τζον Μάρκου δεν επέτεινε οριστικά τη σχέση του με τον Παύλο και τον Βαρνάβα. Αναφέρεται αργότερα στην Καινή Διαθήκη, και φαίνεται ότι συμφιλιώθηκαν και συνέχισαν να εργάζονται μαζί στο μέλλον (π.χ. Κολοσσαείς 4:10).