Η θεωρία "Παραβιασμένα αποδεικτικά στοιχεία": Αυτή η θεωρία υποδηλώνει ότι το καθεστώς Μάρκος παραβίασε τα ιατροδικαστικά στοιχεία στον τόπο της δολοφονίας του Ακίνο για να χειραγωγήσει το αποτέλεσμα της έρευνας. Οι επικριτές ισχυρίζονται ότι η κυβέρνηση άλλαξε τις δηλώσεις μαρτύρων, κατασκεύασε έγγραφα και παραπλάνησε το κοινό για να απαλλαγεί από την ευθύνη του για τον θάνατο του Ακίνο.
Συμμετοχή Κυβερνητικών Δυνάμεων: Κάποιοι πιστεύουν ότι στοιχεία του στρατιωτικού ή των κυβερνητικών δυνάμεων των Φιλιππίνων συμμετείχαν άμεσα στη δολοφονία του Ακίνο. Αυτή η θεωρία υποστηρίζει ότι το καθεστώς του Μάρκος ενορχήστρωσε ένα χτύπημα στον Ακίνο για να εξαλείψει έναν πιθανό πολιτικό αντίπαλο και να καταπνίξει τη διαφωνία ενάντια στην αυταρχική εξουσία.
Συγκάλυψη από υψηλόβαθμους αξιωματούχους: Αυτή η θεωρία υποστηρίζει ότι υψηλόβαθμοι αξιωματούχοι της κυβέρνησης Μάρκος διευκόλυνε τη συγκάλυψη των πραγματικών συνθηκών γύρω από τον θάνατο του Ακίνο. Οι επικριτές προτείνουν ότι ισχυρά άτομα εντός του καθεστώτος προστάτευαν τους δράστες και απέκρυψαν ζωτικής σημασίας πληροφορίες για να διατηρήσουν την εξουσία τους.
Συμμετοχή αλλοδαπών οντοτήτων: Έχουν επίσης εγερθεί συνωμοσίες για πιθανή εμπλοκή ξένων φορέων στη δολοφονία του Ακίνο. Αυτές οι θεωρίες συχνά περιλαμβάνουν χώρες όπως οι Ηνωμένες Πολιτείες ή άλλες ξένες δυνάμεις που ενδιαφέρονται να διατηρήσουν την επιρροή τους στις Φιλιππίνες. Ορισμένοι κερδοσκόποι πιστεύουν ότι διεθνή στοιχεία μπορεί να συνωμότησαν με το καθεστώς του Μάρκος για την απομάκρυνση του Ακίνο ως απειλή για τα συμφέροντά τους.
Η θεωρία του "Αποδιοικού τράγου": Μια άλλη συνωμοσία υποδηλώνει ότι η κυβέρνηση όρισε ορισμένα άτομα ως αποδιοπομπαίους τράγους για να φέρουν την ευθύνη για τον θάνατο του Ακίνο. Οι επικριτές ισχυρίζονται ότι αθώοι άνθρωποι πλαισιώθηκαν και καταδικάστηκαν άδικα, προστατεύοντας τους πραγματικούς εγκέφαλους πίσω από τη δολοφονία.
Αξίζει να σημειωθεί ότι αυτές οι θεωρίες συνωμοσίας δεν έχουν αποδειχθεί οριστικά και πολλοί θεωρούν ότι οι έρευνες για τον θάνατο του Aquino είχαν αρκετές παρατυπίες. Το επίσημο συμπέρασμα του Ανώτατου Δικαστηρίου των Φιλιππίνων του 2010 δήλωσε ότι ο στρατός ήταν υπεύθυνος για το έγκλημα, αλλά δεν ενέπλεξε ρητά τον τότε πρόεδρο Ferdinand Marcos ή τη σύζυγό του Imelda.