Σε απάντηση, η Αθηνά, η θεά της σοφίας και του πολέμου, καταράστηκε τη Μέδουσα ως τιμωρία για τη βεβήλωση του ιερού χώρου. Μεταμόρφωσε τα όμορφα μαλλιά της Μέδουσας σε φίδια που στριφογυρίζουν, και όποιος την κοιτούσε απευθείας θα γινόταν πέτρα.
Η Αθηνά έδιωξε επίσης τη Μέδουσα από την κοινωνία και την έστειλε να ζήσει σε ένα απομακρυσμένο νησί με τις δύο αδερφές της, τη Σθένω και την Ευρυάλη, γνωστές συλλογικά ως Γοργόνες. Η Μέδουσα έγινε ένα τρομακτικό πλάσμα και σύμβολο της προστατευτικής δύναμης και της δύναμης του βλέμματος.
Αυτός ο μύθος υπογραμμίζει το θέμα της θείας τιμωρίας για παραβίαση των θρησκευτικών εθίμων και συνόρων, τονίζοντας την ιερότητα και τη σημασία του σεβασμού των ιερών χώρων και τις συνέπειες της παραβίασης των θείων νόμων και αρχών.