Som et resultat af disse overbevisninger blev mange mennesker anklaget for hekseri udsat for hård behandling, herunder fængsling, tortur og henrettelse. I nogle tilfælde blev hele samfund målrettet i heksejagt, hvilket førte til hundreder eller endda tusinder af uskyldige menneskers død.
Det mest berømte eksempel på en heksejagt i det 16. århundrede er Salem-hekseprocesserne, som fandt sted i Massachusetts Bay Colony i 1692. I løbet af denne tid blev mere end 200 mennesker anklaget for hekseri, og 20 blev i sidste ende henrettet.
Forfølgelsen af hekse faldt til sidst i det 18. århundrede, da oplysningstidens idealer og videnskabelig rationalisme begyndte at udfordre de traditionelle overbevisninger, der havde givet næring til heksejagterne. Arven fra disse forfølgelser er dog stadig et mørkt kapitel i europæisk historie.