En mulig forklaring på spøgelsesobservationerne er, at Charles W. Morgan er det eneste overlevende træhvalskib, der stadig flyder, et faktum, der kan tiltrække ånder fra fortiden. Derudover har skibet været involveret i adskillige tragiske begivenheder i løbet af sin historie, herunder et skibsforlis, der kostede flere besætningsmedlemmer livet. Det er muligt, at disse begivenheder har efterladt en dvælende energi på skibet, som stadig mærkes i dag.
Hvad end sandheden måtte være, er der ingen tvivl om, at Charles W. Morgan har en uhyggelig atmosfære, der gør den til en af de mest populære hjemsøgte destinationer i Mystic Seaport. Besøgende bliver ofte tiltrukket af skibet i håb om at opleve noget paranormalt for sig selv.