Selvom Bibelen ikke giver eksplicitte grunde, har forskere foreslået forskellige mulige årsager til John Marks afgang. Her er et par mulige årsager:
Umodenhed eller mangel på forberedelse :John Mark kan have været ung eller uerfaren på grund af missionsrejsens strabadser og udfordringer. Vanskelighederne og usikkerheden på rejsen kunne have overvældet eller afskrækket ham og ført til hans beslutning om at tage af sted.
Hjemve :John Mark kunne have følt en stærk tilknytning til sin familie, venner eller hjem i Jerusalem. Han kunne have savnet de velkendte omgivelser og bekvemmeligheder fra sit tidligere liv, hvilket fik ham til at vende tilbage.
Uenigheder eller personlighedskonflikter :Selvom der ikke er nogen direkte beviser på konflikt, kan forskelle i meninger, personligheder eller tilgange mellem John Mark og de andre missionærer have bidraget til spændinger og hans endelige beslutning om at forlade.
Ændring af planer eller prioriteter :Det er muligt, at Johannes Markus havde personlige årsager eller forpligtelser, der krævede, at han skulle vende tilbage til Jerusalem. Måske havde han vigtige forpligtelser eller forpligtelser derhjemme, som han skulle tage sig af.
Det er værd at bemærke, at Johannes Markus afgang ikke permanent belastede hans forhold til Paulus og Barnabas. Han nævnes senere i Det Nye Testamente, og det ser ud til, at de forsonede sig og fortsatte med at arbejde sammen i fremtiden (f.eks. Kolossenserne 4:10).