Junipero Serras liv begyndte på Middelhavsøen Mallorca som Miguel Jose Serra y Ferrer. Lidt vides om hans tidlige år, bortset fra at de var præget af sygdom. Hans dårlige helbred holdt ham dog ikke tilbage. Serra voksede op i et religiøst miljø og udviste en dyb spiritualitet fra en tidlig alder. Selvom det er værd at bemærke, at detaljer om hans ungdomsår stort set forbliver udokumenterede. Hans familie levede enkelt, hvilket bidrog til udviklingen af ​​Serras ydmyge og medfølende natur.