Den nøjagtige oprindelse af korncirkler er ukendt, men der er en række teorier om, hvordan de er skabt. Nogle mennesker tror, at de er resultatet af naturlige fænomener, såsom vind eller lynnedslag. Andre mener, at de er udenjordiske væseners arbejde. Atter andre mener, at de er skabt af mennesker, enten som en form for kunst eller til religiøse formål.
Der er ingen videnskabelige beviser, der understøtter nogen af disse teorier, og den sande oprindelse af korncirkler forbliver et mysterium. De fortsætter dog med at fascinere og intrigere mennesker over hele verden, og de er et populært turistmål i mange lande.