Teorien om "manipulerede beviser": Denne teori antyder, at Marcos-regimet har pillet ved de retsmedicinske beviser på stedet for Aquinos attentat for at manipulere resultatet af efterforskningen. Kritikere hævder, at regeringen har ændret vidneudsagn, fremstillet dokumenter og vildledt offentligheden for at frigøre sit ansvar for Aquinos død.
Involvering af regeringsstyrker: Nogle mener, at elementer inden for det filippinske militær eller regeringsstyrker var direkte involveret i mordet på Aquino. Denne teori hævder, at Marcos-regimet orkestrerede et hit på Aquino for at eliminere en potentiel politisk rival og kvæle dissens mod det autoritære styre.
Tildækning af højtstående embedsmænd: Denne teori hævder, at højtstående embedsmænd i Marcos-regeringen lettede en tilsløring af de sande omstændigheder omkring Aquinos død. Kritikere antyder, at magtfulde personer inden for regimet beskyttede gerningsmændene og skjulte vigtig information for at bevare deres greb om magten.
Involvering af udenlandske enheder: Konspirationer er også blevet rejst om den mulige involvering af udenlandske enheder i Aquinos attentat. Disse teorier involverer ofte lande som USA eller andre udenlandske magter, der er interesseret i at bevare deres indflydelse på Filippinerne. Nogle spekulanter mener, at internationale elementer kan have konspireret med Marcos-regimet for at fjerne Aquino som en trussel mod deres interesser.
"Syndebuk"-teorien: En anden sammensværgelse tyder på, at regeringen udpegede visse personer som syndebukke, der skulle bære ansvaret for Aquinos død. Kritikere hævder, at uskyldige mennesker blev dømt og fejlagtigt dømt, hvilket beskyttede de virkelige bagmænd bag attentatet.
Det er værd at bemærke, at disse konspirationsteorier ikke er blevet endeligt bevist, og mange anser undersøgelserne af Aquinos død for at have haft flere uregelmæssigheder. Den officielle konklusion fra den filippinske højesteret i 2010 erklærede, at militæret var skyldigt for forbrydelsen, men implicerede ikke eksplicit daværende præsident Ferdinand Marcos eller hans kone Imelda.