* Alkymi blev ofte set som en form for magi. I middelalderen blev magi anset for at være en kættersk praksis, og enhver, der blev taget i at udøve den, kunne blive straffet hårdt. Som et resultat holdt mange alkymister deres arbejde hemmeligt for at undgå at blive forfulgt.
* Alkymister var ofte meget hemmelighedsfulde omkring deres arbejde, fordi de frygtede, at andre ville stjæle deres hemmeligheder. Alkymi var et stærkt konkurrencepræget område, og mange alkymister mente, at deres arbejde var af stor værdi. Som følge heraf var de ofte meget tilbageholdende med at dele deres hemmeligheder med andre.
* Nogle alkymister var simpelthen gale. Alkymi var en ofte en trial-and-error-proces, og mange alkymister brugte år eller endda årtier på at arbejde på eksperimenter, der aldrig i sidste ende ville blive til noget. Som et resultat blev nogle alkymister simpelthen skøre. I disse tilfælde kan deres hemmeligholdelse have været på grund af simpel excentricitet.
Uanset årsagen, bidrog det faktum, at alkymi blev praktiseret i hemmelighed, til dets mystiske og fascinerende ry.