Som svar forbandede Athena, gudinden for visdom og krigsførelse, Medusa som straf for hendes vanhelligelse af det hellige rum. Hun forvandlede Medusas smukke hår til vridende slanger, og enhver, der så direkte på hende, ville blive forvandlet til sten.
Athena forviste også Medusa fra samfundet og sendte hende til at bo på en afsidesliggende ø med sine to søstre, Stheno og Euryale, samlet kendt som Gorgonerne. Medusa blev et skræmmende væsen og et symbol på beskyttende styrke og blikkets kraft.
Denne myte fremhæver temaet om guddommelig straf for overtrædelse af religiøse skikke og grænser, og understreger helligheden og vigtigheden af at respektere hellige rum og konsekvenserne af at tilsidesætte guddommelige love og principper.